ألف الدكتور المرتضى بن زيد المحطوري عدداً من الكتب القيمة منها عدالة الرواة والشهود.. والسيرة النبوية.. ومختصر في العقيدة.. ومباحث في أصول الفقه.. وغيرها لم أذكرها.. وله كثير من الخطب والمقالات واللقاءات الصحفية..
شهيد المنبر المرتضى ترك إرثاً فكرياً كبيراً يحسب له وللزيدية واليمن والعالم الإسلامي والإنساني ككل.. لأنه وضع حلولاً لكثير من المسائل الفقهية والشرعية التي تاه الفقهاء فيها أو عنها كأنها لا تعنيهم .. ضاربين بها عرض الحائط.. في حين أنها من صميم عملهم. في التوحيد والتكفير والقضاء والقدر والظلم وقضايا المرأة والتقريب بين المذاهب والتقريب بين الأديان.

شهيد المنبر الدكتور المحطوري له موقفه الواضح من أجلاء الصحابة وأمهات المؤمنين موقف الدفاع والإنصاف.. وفي أكثر من مرة قال إنه يحب الصحابة وأمهات المؤمنين أكثر ممن يتهمونه بلعنهم وكيف يكره أم المؤمنين عائشة كما يتهمه الوهابية أعضاء حزب الإصلاح تحديدا “وهي زوجة جدي” كلام المحطوري.. هذا الجواب هو نفسه جواب جميع الزيدية، أنا بنفسي كنت أسمع جدي العلامة حمود السواري رحمه الله وهو من فقهاء الزيدية.. يرضي على الصحابة.. باستثناء البغاة.

فيما يتعلق بالتوحيد يرى السيد المحطوري كمعتزلي أن التعرف على الله يتم بصورة شخصية.. ومن خلال العقل أولا.. وأنه لا يليق بالعقل أن يبقى مقلدا، كما لا يصح حشر أصول الدين في مسائل فرعية كإثبات رؤية الله وأن له يدا ورجلا حاشاه.. أو أن القرآن مخلوق.. أو مسألة تقديم وترتيب الصحابة.. فلا علاقة لترتيب وتقديم الصحابة بالعقيدة.. فالإسلام أوسع وأكبر من هذه الأفكار. ويؤكد الدكتور الشهيد المرتضى المحطوري فيما يتعلق بمسألة خروج مرتكب الكبيرة من النار أنها غير واردة في الفكر الزيدي، وفيما يتعلق بالقضاء والقدر يعتقد أن أفعال الخير والشر تتحقق بقرار الإنسان.. فالله خلق الإنسان لكنه لم يخلق أفعاله.. الله يهب العلم لكنه لا يتحقق إلا بالقدرة هذه القدرة يمنحها الله للإنسان لكن لتنفيذ ما اتخذته أنت من قرارات، وفيما يتعلق بقول الأشاعرة بإمكانية صدور ظلم من الله أو أن الله يقبل ظلما.. يقول كيف ذلك والله القائل “مَا يُبَدَّلُ الْقَوْلُ لَدَيَّ وَمَا أَنَا بِظَلَّامٍ لِلْعَبِيدِ”، وبالنسبة لمسألة تحديد نوع الجنين وأن ملكا ينزل في الشهر الرابع من الحمل ليحدد نوعية الجنين.. يرى أن الله يخلق الجنين ويحدد كونه ذكرا أو أنثى منذ التقاء الحيوان المنوي بالبويضة، إنه يرفض سياسة الإفقار والإهانة والتجويع.. ثم يطلبون من الناس أن يصبروا على كل ذلك الظلم.. لأنه قضاء الله وقدره.

والخلاصة أنهم أي الأشاعرة خلطوا بين مفهومي العلم والقدرة.. ذلك وأن التأويل ينبغي أن لا يتخطى ثلاثة أمور.. العقل والنقل والواقع.. ولكي يتحقق معنى قضاء الله وقدره.. يجب مراعاة الناموس، لأنهم ينكرون المجاز تعبوا في الفهم وفي الحياة.. لأن الله في اعتقادهم له جسم.. بينما الزيدية تفهم الرؤية من خلال الآية “لَيْسَ كَمِثْلِهِ شَيْءٌ وَهُوَ السَّمِيعُ الْبَصِيرُ”. إن الجماعات التكفيرية كما يقول الشهيد المحطوري لا تريد أن تري الناس إلا ما ترى هي وتعتبر ما سواها باطلا، ويصف الزيدية بأروع وأبدع وصف فيقول إنها أي الزيدية برّ الأمان وقد كان دقيقا في وصفه، فالمذهب والتيار والجماعة قليل عليها وإجحاف بحقها.

وصف صالح عفاش بأنه لا مذهب له، والحقيقة أنه كذلك استنادا إلى أيديولوجية الحزب من جهة فهو حزب سياسي ليبرالي لم تؤسسه حركة إسلامية بل تم تأسيسه على أساس أنه لا يتبع أي مذهب أو بالأصح يضم كل التيارات الوطنية بكل طوائفها.. ومع ذلك تم اختراق الحزب من قبل الجماعات المتطرفة، ومن جهة أخرى أن صالح في ذاته غير متدين، فلذلك كان وصف السيد المحطوري له بأنه لا ينتمي لمذهب.. صحيح.. كما وصف انضمام علي محسن مع الثورة بأنه ضفعة فوق سبايا.. تشبيه في محله.. لأن علي محسن كما هو معروف من رموز النظام السابق “الأعفاط” وأصحاب القرار والنفوذ بل إنه كانت أوامره أولى من أوامر صالح.

أنشأ مركز بدر وكلفه إنشاؤه التنازل عن ترشحه لعضوية مجلس النواب، وكان المرتضى قد أعلن ترشحه للبرلمان ولكونه منافس قوي لمرشح حزب المؤتمر الشعبي العام (حزب الرئيس) فقد عرض عليه الانسحاب مقابل منصب، لكنه طلب تركه وشأنه وحسب لإنشاء مركز بدر العلمي.

الدكتور المحطوري دفع حياته ثمناً لمواقفه وآرائه، وانتهاجه مبدأ الصدق ورفض الظلم، والخروج على الأفكار التكفيرية والخرافات السائدة، واستشهد وهو يخطب على منبره في مسجد بدر بتفجير تكفيري انتحاري داخل المسجد نفذه عناصر التكفير التي تتبناهم السعودية لإسكات الحق وتكريس الباطل. فعليه سلام الله ما تعاقب الليل والنهار.